В 90-х годах двадцатого века тюменская команда «Подарки» во главе с форвардом Александром Поповым выиграла едва ли не все возможные любительские мини-футбольные турниры. На ее базе в 1999 году и был основан мини-футбольный клуб «Сибнефтепровод». Со второй попытки «Сибнефтепровод» выиграл турнир первой лиги, завоевав путевку в высшую лигу.

Добившись повышения в классе клуб лишился титульного спонсора и обрел свое нынешнее название — «Тюмень». С 2001 года «Тюмень» — бессменный участник чемпионатов страны.

Президент и основатель МФК «Тюмень» Александр Попов, кроме того, в течение нескольких лет выполнял тренерские функции. Также с командой работали наставники Александр Вишневецкий, Ренат Камалетдинов, Наиль Закеров, Александр Гуржеев, Андрей Комаров, чемпион Европы и России, обладатель Межконтинентального Кубка Темур Алекберов.

На протяжении всей истории в вопросах формирования команды предпочтение отдавалось местным воспитанникам. Ветеран команды Денис Абышев несколько лет подряд призывался в национальную сборную, в ее составе стал серебряным призером Чемпионата Европы, кроме того, завоевывал золотые и бронзовые награды Чемпионата мира среди студентов. Чемпионом мира стал и голкипер команды Георгий Замтарадзе. Также в национальную сборную призывался Николай Переверзев. В молодежной команде силы пробовали Олег Исаев, Артур Цыба, Андрей Кардаков, Ильдар Нугуманов, Иван Милованов и воспитанник «Тюмени», ныне игрок новосибирского «Сибиряка» Владимир Рябинин. Последние трое в декабре 2008 года в составе российской молодежной команды стали Чемпионами Европы.

За «Тюмень» выступали и игроки других национальных сборных — чешские футболисты Вит Блажей, Ян Клима и Зденек Слама, а также голкипер сборной Грузии Звиад Купатадзе, сейчас получивший российское гражданство. Выступал за сборную Бразилии вратарь Эрик.